O Campeão do 1º e 2º Turno decidem a final do Campeonato Estadual da Segunda Divisão de Profissionais. Caso a mesma associação seja campeã dos dois turnos, será declarada campeã da Segunda Divisão de 2009. Em cada turno as Associações começarão do zero. Ascenderão à primeira divisão de 2010, as equipes que sagrarem-se campeãs do primeiro e segundo turno. A Terceira equipe a subir será aquela que somar o maior número de pontos juntando os dois turnos. E se a mesma equipe for à campeã dos dois turnos, usa-se o mesmo critério.